20世紀90年代是計算機和軟件技術(shù)飛躍發(fā)展的階段。PC機普及到各個野外隊乃至個人，使海量化探數(shù)據(jù)處理和多樣化處理成為可能。GIS的出現(xiàn)，給多元素化探信息空間疊加分析提供了有力工具，為地學(xué)研究提供了更豐富、更有效的化探信息資源。高級編程語言的出現(xiàn)，編程方法技術(shù)的提高，大大改善了數(shù)據(jù)量的限制，對于高性能的計算機，可以處理上百萬條記錄的地球化學(xué)數(shù)據(jù)。同時，一些新的化探數(shù)據(jù)處理方法也不斷推出，如分形、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用等。90年代地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理的特點表現(xiàn)為區(qū)域性和多元性。
 
  數(shù)據(jù)處理軟件的更新，即對已有化探處理軟件的更新，采用新的語言改寫。物探所在承擔的“化探工作站”和“省級區(qū)域地球化學(xué)數(shù)據(jù)庫信息系統(tǒng)”項目中，對80年代開發(fā)的常規(guī)統(tǒng)計分析和多元地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理軟件進行了移植，大大提高了化探數(shù)據(jù)處理的效率。在開發(fā)方法上，一方面直接采用Borland C++、Visual C++、Visual Basic等開發(fā)工具，開發(fā)成COM、DLL或ActiveX控件方式，優(yōu)化了開發(fā)過程以及代碼的重利用；另一方面基于GIS軟件提供的二次開發(fā)功能，結(jié)合高級語言，開發(fā)具有空間分析功能的地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理模塊。再就是直接利用商業(yè)數(shù)據(jù)處理軟件，如Geosoft、Surfer、SPSS等軟件系統(tǒng)。
 
  在數(shù)據(jù)處理新方法方面，主要是非線性數(shù)據(jù)處理方法的應(yīng)用。余金生等提出了空間濾波方法（余金生，蔣金荷，張效民，1994），主要利用因子協(xié)同克里格法處理區(qū)域化探數(shù)據(jù)，對異常進行識別和分類評價。成秋明、李長江、施俊法等將分形、混沌及人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)引入到區(qū)域地球化學(xué)數(shù)據(jù)的處理，主要用于異常下限確定、異常分離、地球化學(xué)數(shù)據(jù)模擬等（成秋明，2001;李慶謀，成秋明，2004;李長江，麻土華，1997; 1999）。李方林、鮑征宇等借鑒地球物理處理技術(shù)，包括小波變換、梯度法、傅立葉變換等，提出了將譜分析和數(shù)字濾波應(yīng)用于地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理的方法。地球物理處理方法的引入，使地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理方法又增添了新的內(nèi)涵（李方林，鮑征宇，1999;裴韜，鮑征宇，1998，1999）。
 
  張遠飛等應(yīng)用遙感圖像分類方法，提出多元地球化學(xué)模式識別技術(shù)，通過多元素地球化學(xué)展示元素的空間分布規(guī)律及共生組合關(guān)系（張遠飛等，2004）。
 
  地理信息系統(tǒng)(GIS)是近十幾年來迅速發(fā)展的空間數(shù)據(jù)操作系統(tǒng)，它是一種集數(shù)據(jù)獲取、數(shù)據(jù)管理、空間分析和顯示為一體的計算機軟件系統(tǒng)。應(yīng)用GIS可以實現(xiàn)海量地球化學(xué)數(shù)據(jù)的管理、可視化數(shù)據(jù)操作、編制單元素及多元素數(shù)據(jù)的地球化學(xué)圖和綜合空間分析等。我國用于地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理的GIS系統(tǒng)主要有Arclnfo (ArcView). Maplnfo、MapGIS等。另外，國內(nèi)大學(xué)、研究所、政府機構(gòu)等，還針對地球化學(xué)數(shù)據(jù)的特點'開發(fā)了基于GIS的專業(yè)型地球化學(xué)數(shù)據(jù)管理處理系統(tǒng)，如GeoMDIS、GeoExpl、MRAS等，地理信息系統(tǒng)的應(yīng)用將地球化學(xué)數(shù)據(jù)處理推向了一個新的高度。